Das Erfassen, Auswählen und Analysieren der zuweilen gigantischen Informationsmengen zu einem bestimmten Thema erfordert sehr präzise Vorgehensweisen, wobei jede einzelne Etappe akribisch dokumentiert werden muss.
Die Methodenhandbücher des KCE umfassen eine genaue Beschreibung unserer validierten Arbeitsmethoden. Ursprünglich dienten sie hauptsächlich für den „internen Gebrauch“, aber sie können auch von anderen Forschern der Gesundheitspflege oder öffentlichen Gesundheit als Leitfaden verwendet werden.
Die Basismethoden, die vom KCE im Alltag angewendet werden, sind im Process Book vereint, aber das KCE hat ferner spezifische Methodenhandbücher zu verschiedenen Themen entwickelt, oft in Kooperation mit anderen Partnern.