De KCE-directie bestaat uit
- Ann VAN DEN BRUEL, Algemeen directeur
- Christophe JANSSENS, Adjunct algemeen directeur
- Irina CLEEMPUT, Directeur wetenschappelijk programma
- Roos LEROY, Directeur wetenschappelijk programma
Het KB van 20 februari 2003 betreffende de aanduiding en de uitoefening van de managementfuncties bij het KCE bepaalt dat de houders van de managementfuncties een ontwerp van managementplan en operationeel plan moeten neerleggen binnen een termijn van zes maanden na hun aanstelling. Een managementplan wordt geschreven voor zes jaar, de duur van het mandaat.
